阿拉伯-伊斯蘭醫學形成於8至13世紀,繼承了古希臘醫學的哲學原理和醫術理論,又吸納了地中海周沿地帶諸民族的古老醫藥學遺產和古代印度、波斯、中國等東方諸國的醫藥知識。因此,阿拉伯-伊斯蘭醫學是中古時期較先進的醫學。當時,阿拉伯大帝國的一些著名醫學家用阿拉伯文寫的醫藥學經典著作,在西方廣為流傳。12世紀以來,它們被譯成拉丁文,成為歐洲諸醫學院校的教科書。

阿拉伯的醫藥學對中國也有相當的影響。香藥(香料和藥材)是中國古代從阿拉伯地區進口的主要商品,當時香料也是中阿貿易商品的大宗,而這種交易又多半通過海路進行,故而海上絲綢之路也稱「香料之路」。古時中國輸往阿拉伯的香料有麝香、沉香木、肉桂、薑等;阿拉伯輸入中國的香藥則有乳香、血竭、蘆薈、沒藥、蘇合香、葫蘆巴、丁香、阿魏、訶黎勒、珍珠、龍腦(冰片)、龍涎香、木香、薔薇水等。這些香藥為中國醫藥界廣泛採用,有的名稱都是阿拉伯原名的音譯,如沒藥(Murr)、訶黎勒(Halīlaj)、葫蘆巴(Hulbah)等。9、10世紀,即晚唐至北宋前期,阿拉伯-伊斯蘭的醫藥知識已傳入中國。唐朝段成式(公元?-863年)的《酉陽雜俎》,記錄了大食(阿拉伯)國的本草和藥用。李珣(約公元855-約930年)的《海藥本草》,歸納出利用樹脂類藥物是阿拉伯-伊斯蘭醫藥的一大特色。北宋年間,隨着中阿之間貿易的高度發展,阿拉伯香藥也開始大量輸進中國,一次輸入的阿拉伯乳香竟以萬斤計,阿拉伯-伊斯蘭醫藥學也隨之對中國產生明顯影響。傳統中醫自古不分科,但在北宋年間,太醫院在培訓醫生時也如古希臘和阿拉伯醫學那樣,分成了內、外、婦、兒、口腔等十三科,這可能是受到阿拉伯-伊斯蘭醫學的橫向影響。傳統中醫以湯藥為主,但北宋的《太平聖惠方》、《聖濟總錄》卻大量增加了丸、散、膏、酊的處方,如《乳香圓》、《阿魏圓》等。究其原因,乃是使用從阿拉伯-伊斯蘭國家進口的香藥大量增加,而香藥汗有揮發性物質,若用煎湯法,其有效成分就會失掉,故只能製成丸、散、膏、酊。可見這類處方的出現,是阿拉伯-伊斯蘭藥理學對中醫藥影響的結果。

元朝政府重視阿拉伯-伊斯蘭醫藥學,採取中醫學與回醫學同時並舉的方針。在太醫院中有專門研究和使用阿拉伯-伊斯蘭醫藥的「廣惠司」,其職責是「掌修製御用回回藥物及和劑,以療諸宿衞士及在京孤寒者。」在它下面還設有大都回回藥物院和上都回回藥物院,掌管回回(穆斯林)藥事。在元代,有很多阿拉伯-伊斯蘭醫師來到中國,受到朝野歡迎,被稱為「回回醫官」。他們對解剖學頗有研究,精通各種手術。元末明初的文學家陶宗儀的《南村輟耕錄》卷二十二「西域奇術」中,就載有回回醫官開刀為頭痛難忍的兒童從腦中取出腫瘤,動手術治癒腹部膨脹的馬等傳奇故事。這些來華的醫師還攜帶來很多阿拉伯-伊斯蘭的醫學書籍。元秘書監收藏的以萬計的阿拉伯-伊斯蘭各門科學書籍中,就有《忒畢醫經十三部》。「忒畢」是阿拉伯語「Tibbī」的音譯,原意就是「醫學的」、「醫術的」。這十三部《忒畢醫經》中,很可能有伊本‧西拿(Ibn Sīnā,公元980-1037年)的《醫典》(al-Qānūn fī at-tibb)。

泉州灣后渚隨南宋海船出土的香藥