在中日兩國民間流傳著許多關於徐福東渡日本的傳說和故事。在中國民間,尤其山東榮城、諸城、即墨各縣和江蘇連雲港、贛榆一帶,都流傳著不少關於徐福的傳說。還有人考證江蘇北部贛榆縣的徐阜村或山東黃縣的徐鄉就是秦代徐福的家鄉。山東即墨沿海有個徐福島,當地傳說是徐福東渡時船隻避風之處。

日本民間更把徐福東渡日本的傳說加以具體化、形象化的附會,不少地方都有所謂徐福的遺蹟和故事。如九州佐賀縣的伊萬里港,傳說是徐福船隊到日本登陸的地方,甚至還流傳徐福與當地酋長的女兒阿辰的愛情故事。

在日本傳說中,徐福從九州又繼續東行到本州,經過瀨戶內海到達紀伊半島,因此近畿地區也有不少徐福的遺蹟和傳說。如三重縣熊野浦被認為是徐福的登陸地,附近有徐福之丘和徐福墓、徐福宮。和歌山縣新宮市的徐福町有徐福祠、徐福墓碑和徐福七位親信的墓。還有傳說徐福一行最後在日本的「蓬萊」即富士山麓找到了長生不老藥,然而此時秦始皇已死,他們就定居在那裡,向當地居民傳播中國文化和生產技術。因此在富士山麓也建有幾個徐福祠。