中國文化對日本的影響,較深層的表現是在學術和宗教方面。

眾所周知,日本假名文字就是吸收了中國漢字的成分加以改造而成的,而且至今日文中還包含了不少漢字。日本的儒學也是從中國傳入的,它在日本古代的意識形態和文化學術史上佔有極其重要的地位。中國儒學的不同學派如朱子學、陽明學,對日本江戶時代(1603-1867年)及明治時代(1867-1912年)的政治思想都產生過重大影響。

日本的佛教也是從中國傳入的,古代曾有大批日本和尚到中國取經求法,而一些中國高僧則到日本傳經弘法。日本佛教還通過中國禪宗的傳入,呈現「儒佛互補」的現象。日本的某些政治、宗教信仰如天皇、神器崇拜、祝紫為上等,則是從中國道教學理中獲得的。

日本歷史的編修最初也是從模仿中國史書的修撰開始的。以下是有關中國漢字、儒學、佛教、史學與日本文化關係的介紹。