由公元10世紀直至19世紀初,中國歷經五代及宋元明清各朝,而日本則經歷了平安時代後期、鐮倉時代室町時代安土桃山時代江戶時代。這個時期中日交流的路線主要是橫渡東海的航行。中日交流的方式則更加多樣化,除了少數官方使節外,更多表現為民間貿易往來,如宋元時期的中日貿易,明代的勘合貿易、清代的信牌貿易等,還有兩國僧侶、文人的往來。中日交流的內容既有物質方面的商品貿易,更有精神方面的佛教、儒學、文學、美術、書法、醫學、書籍等等的交流。

這段時期的中日文化交流,內容豐富多彩,這裡著重介紹幾位較有典型意義的代表人物。其中有名留青史的日本入宋僧然,在日本傳播飲茶之風的和尚榮西,明代中日繪畫藝術交流的傑出代表日本著名畫家雪舟等揚,還有明末清初對中日文化交流作出重大貢獻的明朝遺民朱舜水,以及日本黃檗禪宗的始祖隱元禪師。他們每人都有一段精彩的故事。